Atât Consensus, cât și Pan PCR urmează aceeași procedură de rutină. Cu toate acestea, diferența cheie între PCR consens și Pan PCR se bazează pe obiectivele de bază folosite de fiecare procedură. În timp ce PCR consens vizează întotdeauna regiunile conservate, un PCR Pan vizează regiuni variabile pentru a identifica diferite tulpini ale unui grup.