Ficocianina are o culoare albastru deschis caracteristică, absorbând lumina portocalie și roșie, în special aproape de 620 nm (în funcție de tipul specific), și emite fluorescență la aproximativ 650 nm (de asemenea, în funcție de ce tip este). Aloficocianina absoarbe și emite la lungimi de undă mai mari decât ficocianina C sau ficocianina R.